Level 0 — 我完全不知道 Cas9Start here
先建立一個能掛東西的骨架：Cas9 是什麼、為什麼有人在意。
你現在在哪
地圖的左下角，什麼都還沒有。 前面沒有一關，這是起點。
你現在的處境跟你第一次打開別人給的 INCAR 是一樣的：每個字母你都看得懂，但你不知道哪一行是無害的品味問題、哪一行會安靜地讓整批計算變成垃圾。當時你怎麼解決的？不是先去讀 DFT 的推導，而是先弄到一張「這些標籤各自在管什麼」的表，先讓自己有地方掛東西，細節之後一格一格填。
L0 就是那張表。 這一關不解釋機制，只做一件事：把 Cas9 世界的詞彙掛上骨架，讓你之後每讀到一個新東西都有地方放。
這一關結束之後，你能做一件你現在做不到的事： 拿一篇 Cas9 論文的摘要，你能把它切成「這是名詞」與「這是主張」兩堆，並且對每一個名詞說出它屬於這張地圖的哪一章。你還不能判斷那些主張對不對 —— 那是 L1 到 L5 的事。
不是「我懂了」，是「我知道每個不懂的東西該去哪裡查」。
這關要學會什麼
- 你將能夠用一句話說出 Cas9 在做什麼，並指出這件事包含「認出位置」與「切下去」兩個可以分開的動作。
- 你將能夠認出
sgRNA、PAM、protospacer、R-loop、HNH、RuvC、on-target、off-target這八個詞，並說出每一個指的是分子的哪個部分或哪個事件。機制不用懂，先能對號入座。 - 你將能夠在這張地圖上，用左上角的搜尋（或按
/）在 30 秒內找到任何一個陌生名詞所在的頁面。 - 你將能夠說出這條路線服務的交付物型態：一條便宜、可大量篩選的 computational workflow，以及支撐它的方法學判準。不是「研究 Cas9 生物學」。這個區別會決定你後面每一個選擇。
- 你將能夠指出這張地圖的三個立場各自在反對什麼。你還不需要能替它們辯護，那是 L2 與 L5 的功課。
依序讀這些
順序的邏輯只有一句：先看規則再看內容，先看終點再走路。
- 地圖首頁 — 先讀「怎麼用這張地圖」與三個立場。知識頁的 12 個區塊順序固定（Learning Path 關卡與章首頁另有各自的格式），知道
07 When NOT與08 Project Lens各放什麼，等於拿到一把可以跳讀的鑰匙。 - Cas9 Biology 章首頁 — 章首頁列的是這一章要回答哪些問題。先看問題清單再看答案，比反過來省一半力氣。
- Cas9 是什麼 — 只讀前四個區塊（一句話 → Why should I care? → What → Why），讀到
## How就停。理由：How之後需要你已經有時間尺度與成本的概念，那是 L1 與 L3 的事，現在讀只會變成背誦。 - 名詞速查 — 從頭掃到尾，不要背。目的只有一個：讓你之後看到某個詞時產生「我好像在哪裡看過」的感覺，那個感覺會替你省下大量查找時間。
- Workflow 全圖 — 只看
## What底下那張七步表，其他一律跳過。看終點長什麼樣，你才知道自己在往哪裡走。看不懂是正常的，L6 會回來。
Cas9 是什麼 這一頁在整站被歸在 L1，但它的前半段是零門檻的。把一頁切成兩關讀不是偷懶，是把「建立圖像」與「量化成本」兩件事分開 —— 混在一起讀，你會把數字背下來卻沒有圖像。
兩篇原始文獻（現在不必讀，先知道它們存在）
通關檢查表
通關測驗
有人跟你說：「Cas9 就是一把分子剪刀，你給它一段序列，它就去把那段序列剪掉。」這句話漏了什麼？點開看參考答案
漏了入場券。Cas9 不會只憑序列互補就動手 —— 目標位點旁邊必須有一段叫 PAM 的短序列（SpCas9 認 5′-NGG-3′），由 PI domain 上的 R1333 與 R1335 直接讀出來。沒有 PAM，就算序列完全互補，這個位點也會被無視。
這句話還漏了第二件更深的事，你現在只要知道它存在就好：「綁上去」與「切下去」在 Cas9 身上是兩件可以分開發生的事。 一個位點可以被牢牢抓住、卻永遠不被切。這件事是整張地圖的支點，L1 會給你機制，L2 會告訴你它為什麼值錢。
target strand、non-target strand、PAM、protospacer —— 誰跟誰配對？序列又寫在哪一股上？點開看參考答案
sgRNA 配的是 target strand（TS），所以 TS 是被 RNA 搶走的那一股；另一股 **non-target strand（NTS）被擠出來、沒有配對對象。切的分工是交叉的：HNH 切 TS，RuvC 切 NTS，兩邊同時動手，在 PAM 上游 3 bp 處切出一個平頭（blunt）**斷裂。
慣例上 protospacer（那 20 bp 的目標位點）與 PAM 的序列都寫在 NTS 上，因為 NTS 的序列跟 sgRNA 的 spacer 相同、讀起來直觀。這個「配對的是 TS、序列卻寫在 NTS 上」的錯位，是建系統時最容易搞反的地方之一，弄反的代價是整批模擬的錯配位置全部標錯。
為什麼這張地圖的每一頁都有一個 `When NOT`，而且它被稱為這站的靈魂？點開看參考答案
因為這個領域的錯誤幾乎都不會報錯給你看。對齊沒做、起始結構選錯、軌跡太短 —— MD 不會崩、不會噴 error，它會安靜地跑完，然後給你一條漂亮的曲線和一個錯的結論。
這件事你在 DFT 世界其實見過：k-mesh 不夠密的計算一樣正常結束、一樣吐出一個能量，只是那個能量不能用。差別在於 MD 多了一整個統計誤差的軸，而它沒有任何一個像 ENCUT 那樣「調大就會收斂」的旋鈕。所以「什麼時候不該用」必須跟「怎麼用」一樣被明確寫出來，否則沒有人擋得住那些安靜的錯誤。
這類 workflow 專案的目標是什麼？用一句話說，而且不准出現「研究」兩個字。點開看參考答案
建立一條便宜、高效率、可大量篩選的 Cas9 computational workflow。
這句話有兩個字要特別注意。第一是「便宜」—— 它是硬約束不是形容詞：可用的是一張消費級桌機 GPU，加上共享叢集上少量、同時只跑得動個位數 job 的額度，暫存空間也只有百 GB 量級。任何建議如果沒有標成本量級，它就還不是一個建議。第二是「workflow」—— 交付物是流程，不是某個 Cas9 的新發現。這代表 reviewer 打你的方式會完全不同：他不會問「這個生物學結論對不對」，他會問「這條流程憑什麼可信」。整個 L5 就是在準備那一問。