這是公開版 「My Project」與「Open Questions」兩章沒有收錄在這個公開版本裡，因為它們引用了進行中合作案尚未發表的內容。 其餘九章完整呈現，站內指向那兩章的連結會顯示成灰色文字。
本站以第二人稱寫給「正在建立這條 workflow 的人」，文中出現的實測數字來自作者自己的計算。

Interactive Research Map · v1

Cas9 Computational
Research Map

從「完全不懂 Cas9」到「能自己設計 computational workflow」。
這不是一本教材，是一張地圖：任何一塊知識，你都應該知道它放在哪裡。

Explain like I'm 16.  Train me like I'm a PhD.

先看這裡：怎麼用這張地圖

三種進場方式

完全新手 → 走 Learning Path，L0 到 L6 有順序、有通關檢查表。
查一個東西 → 用左上角搜尋（或按 /），例如打「RMSF」「MM/PBSA」「5F9R」。
要做決定 → 直接跳 Workflow Design。

每一頁都長一樣。知識頁固定 12 個區塊，順序永遠相同：

01 一句話02 Why should I care?03 What04 Why05 How06 When07 When NOT08 Project Lens09 Reviewer Thinking10 Common Mistakes11 Further Reading12 Summary

固定格式的意義是：你可以只讀你要的那一塊。 想知道「這東西什麼時候不該用」就直接跳 07；想知道「這對我的 project 重不重要」就跳 08。

兩個特別的區塊

07 When NOT —— 這站的靈魂。多數教材只教你怎麼做，不教你什麼時候這麼做會得到看起來合理但其實是雜訊的結果。
08 Project Lens —— 每一頁都用同一個問題打分：「對『建立便宜、高效率、可大量篩選的 Cas9 computational workflow』這個目標，這東西的優先序是幾星？」星等會直接寫出理由，包含為什麼不是五星。

Learning Path

L0 我完全不知道 Cas9 0 頁 · 先建立一個能掛東西的骨架：Cas9 是什麼、為什麼有人在意。 L1 知道 Cas9 如何切 DNA 0 頁 · 把「一台機器分五步做完一件事」這個圖像刻進腦子。 L2 知道 High Fidelity 是什麼問題 0 頁 · 搞懂領域真正的痛點：切錯地方，以及為什麼難解。 L3 知道 MD 在模擬什麼 0 頁 · 從 DFT 的世界跨到力場的世界，知道換到了什麼、失去了什麼。 L4 知道所有 Analysis 0 頁 · 軌跡跑完之後，十二種分析各自回答什麼問題。 L5 知道 Benchmark 怎麼做 0 頁 · 學會問「我怎麼知道這個數字不是雜訊」。 L6 知道如何設計 workflow 0 頁 · 把前面所有東西接成一條你自己能防守的流程。

完整地圖

這張地圖的幾個立場

立場一：ΔG 排序量錯了東西

Cas9 的專一性主要由動力學（HNH 構形檢查點）決定，不是由平衡結合強度決定。高保真變體對 on-target 與 off-target 的結合親和力和野生型差不多，差別在綁上去之後切不切得下去。
這代表任何以 ΔG_bind / ΔΔG 為主軸的篩選漏斗，都只能當結合可行性的粗篩，不能當專一性的 ranker。這個立場貫穿整站，見 HNH 距離、MM/PBSA、自由能地景。

立場二：先問穩不穩，再問準不準

一個 metric 如果在四條獨立軌跡之間就散掉了，它跟實驗對不對得起來根本是次要問題。
本站所有分析頁的 When NOT 都會先講統計穩定性。這是 Metric 可靠性 整章的主題，也是本站實證基礎最紮實的一塊。

立場三：便宜是硬約束，不是藉口

在算力有限的前提下設計 workflow，不是次等的科學。「用便宜的方法拿到可防守的結論」本身就是方法學貢獻——前提是你誠實標出它量得到什麼、量不到什麼。
所以每一頁的 How 都會標成本量級，Project Lens 都會把成本納入星等。

維護

這張地圖設計成可以長期長大：內容層是 Markdown 與 JSON、呈現層是獨立的建置腳本，兩者互不干涉。新增一篇 paper 只需要加一筆資料、再到相關的 1 到 2 頁補一行引用，不需要重寫整章。

全站離線可用：沒有任何外部字型、CDN 或網路請求。用瀏覽器直接開 dist/index.html 即可。